Tym samym sędziowie Trybunału przychylili się do stanowiska Komisji Europejskiej, która w ub. roku wysunęła listę zarzutów: polski zryczałtowany system nie jest zgodny z dyrektywą UE o VAT w zakresie obliczania podstawy opodatkowania i dokonywania odliczeń, a także dlatego, że nakłada na przewoźników dodatkowe obowiązki w momencie przekroczenia granicy.
Zgodnie z unijną dyrektywą o wspólnym systemie VAT z 2006 r., transgraniczne usługi przewozowe podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT w każdym państwie członkowskim za daną odległość pokonaną na jego terenie.
Tymczasem Polska wprowadziła szczególny system podatku VAT w odniesieniu do usług międzynarodowego transportu pasażerskiego, wykonywanego sporadycznie autokarami zarejestrowanymi za granicą. Od kierowcy pojazdu wymaga się zapłaty podatku w urzędzie celnym z chwilą wjazdu na terytorium Polski, a kwotę podatku ustala się w zależności od liczby pasażerów (w oparciu o średnią podstawę opodatkowania od jednej podróżującej osoby, licząc 7 proc. od kwoty 285 zł).
Zdaniem KE, polski system odbiega od przepisów UE, gdyż należna kwota podatku powinna być proporcjonalna do odległości pokonanej na terytorium Polski.
Trybunał zgodził się z KE we wszystkich punktach. Zdaniem sędziów, ustalając we wszystkich wypadkach kwotę 285 zł jako podstawę opodatkowania, Polska nie uwzględnia rzeczywistej odległości pokonywanej w Polsce przez autobus. Ponadto, wbrew unijnej dyrektywie, przedsiębiorstwo przewozowe nie ma możliwości uzyskania zwrotu podatku VAT zapłaconego w Polsce, na przykład za zakupione paliwo. Niezgodne z prawem jest także narzucenie dodatkowych formalności na granicy: konieczność wypełnienia specjalnej deklaracji składanej w dwóch egzemplarzach przez kierowcę autokaru.
Przed Trybunałem Polska zapewniała, że podjęte zostały prace legislacyjne w celu zaprzestania naruszania dyrektywy w zakresie obliczania podstawy opodatkowania. Ale sędziowie podkreślili, że należało to zrobić wcześniej - kiedy przed skierowaniem sprawy do Luksemburga, KE w czerwcu 2008 r. wzywała Polskę do zmiany przepisów.
Natomiast Trybunał podkreślił w orzeczeniu, że "Polska nie dostarczyła precyzyjnych i merytorycznych informacji odpowiednich dla uzasadnienia jej obrony, a przez to nie wykazała, że zarzuty naruszenia przepisów dyrektywy są bezzasadne".
Wiceminister finansów Maciej Grabowski powiedział w czwartek PAP, że jego resort ma już gotową propozycję, która dostosuje polskie przepisy do wymogów regulacji unijnych. "Wysokość podatku będzie uzależniona od liczby kilometrów przebytych przez pasażera" - powiedział. Dodał, że zmiany będą procedowane w ciągu najbliższych miesięcy.