W trakcie debaty zaproponowano szereg poprawek. Zbigniew Romaszewski (PiS) postulował, by w ustawie doprecyzować, że audyt nie może dotyczyć wyników kontroli NIK. "Trzeba wprowadzić zapis, że dokumenty kontrolne są dla zewnętrznych audytorów niedostępne" - powiedział.
Za wprowadzeniem takiego zapisu opowiedział się także Jacek Jezierski. Jego zdaniem "dawałoby to gwarancję, że audytor zewnętrzny nie wejdzie w proces kontrolny". Przy obecnym zapisie - jego zdaniem - istnieje takie zagrożenie, a to - jak powiedział - stanowi zagrożenie dla bezpieczeństwa państwa. "Izba kontroluje bowiem procesy prywatyzacyjne, zagadnienia z zakresu obrony narodowej, bezpieczeństwa wewnętrznego, obrony, energetyki, systemów informatycznych. Jeżeli prywatny audytor miałby dostęp do akt kontroli, a przy takich zapisach, niestety taka interpretacja jest możliwa, wprost groziłoby to bezpieczeństwu państwa" - powiedział.
Jezierski jest też przeciwny powoływaniu wiceprezesa NIK przez Sejm w sytuacji, gdy w ciągu trzech miesięcy marszałek nie powoła wiceprezesa, zaproponowanego przez szefa NIK. "W projekcie zakładano, że wiceprezes może być powoływany bez wniosku prezesa, Sejm co prawda tę poprawkę odrzucił, ale senatorowie na posiedzeniu komisji ustawodawczej ją wprowadzili" - powiedział.
"Gdyby ta poprawka została przegłosowana w Senacie wrócilibyśmy do takiej sytuacji, że na wniosek prezesa marszałek w ciągu 3 miesięcy powołuje wiceprezesa, ale - jeżeli zaniecha powołania - to wtedy większość sejmowa uzyskuje prawo do powołania już bez zgody prezesa - wiceprezesa" - zaznaczył.
W ocenie minister w kancelarii premiera, odpowiedzialnej za walkę z korupcją Julii Pitery "audyt jest niezbędny", a zewnętrzna firma audytorska nie będzie - jej zdaniem - wkraczać w wyniki kontroli, prowadzonych przez NIK. Według minister nie ma też niebezpieczeństwa, by marszałek nie powołał wiceprezesa Izby, gdy taką kandydaturę zgłosi prezes. Proponowany zapis - jak mówiła - wprowadzony ma być na wypadek, gdyby prezes nie zgłosił żadnej kandydatury. Jezierski powiedział, że miały miejsce sytuacje, gdy marszałek nie powoływał osoby, zaproponowanej przez prezesa Izby, natomiast nie było sytuacji, by prezes nie zgłosił kandydatów na wiceprezesów.
Jan Dobrzyński (PiS) pytał "czy proponowane zmiany nie zmierzają do zachwiania NIK czy nie zagrażają bezpieczeństwu państwa". W jego ocenie bulwersujące jest powierzenie audytu firmom zewnętrznym oraz wybór wiceprezesów przez Sejm w sytuacji, gdy marszałek nie powoła kandydata, zgłoszonego przez prezesa.
Czesław Ryszka (PiS) ocenił proponowane rozwiązania jako zagrażające bezpieczeństwu państwa i Najwyższej Izbie Kontroli. Pytał czy jest to "skok PO na tę instytucję". Romaszewski skrytykował prócz audytu i sposobu wyboru wiceprezesów także zastąpienie dwóch dokumentów pokontrolnych - jednym. Jego zdaniem obecne dwa dokumenty pokontrolne: protokół i wystąpienie, sprawiają, że osoba kontrolowana może zapoznać się z protokołem i złożyć wnioski.
Zdaniem Janusza Sepioła (PO) audyt zewnętrzny i wybór wiceprezesa przez większość sejmową oznacza "wyjście z pewnej rutyny" i "ma swoje zalety". Sepioł pozytywnie ocenił także kadencyjność dyrektorów i wicedyrektorów departamentów NIK. Zgodnie z nowelizacją rozwiązania te mają obowiązywać od 2013 roku.
Senator Mariusz Witczak (PO) apelował, aby "nie histeryzować". Jego zdaniem zarówno audyt, jak i zmiana wyboru wiceprezesów ma swoje dobre strony. Zwrócił też uwagę, że po przyjęciu ustawy w takiej formie i skierowaniu jej do prezydenta - ten może ją zawetować lub skierować do Trybunału Konstytucyjnego.