W trakcie głosowania posłowie przyjęli dwie poprawki. Pierwsza z nich, zgłoszona przez posłów PiS, umożliwi opiniowanie przez związki zawodowe restrukturyzacji (łączenia, podziału, reorganizacji lub likwidacji) instytutów badawczych. Druga, zgłoszona przez posłów Lewicy do ustawy wprowadzającej przepisy przejściowe, zakłada, że przepisy dotyczące wszystkich omawianych ustaw wejdą w życie 1 października 2010 r.
Przygotowana przez rząd reforma ma przede wszystkim wzmocnić projakościowy system finansowania nauki. Mający powstać Komitet Ewaluacji Jednostek Naukowych, według transparentnych zasad, oceni pracę wszystkich instytutów badawczych, a te odnoszące największe sukcesy naukowe będą mogły liczyć na największe finansowe wsparcie państwa. Z kolei instytuty, które przez Komitet zostaną najgorzej ocenione będą zlikwidowane.
Rząd chce ponadto zmniejszyć tzw. finansowanie statutowe jednostek naukowych, czyli finansowanie ich bieżącej działalności. Więcej pieniędzy ma być przeznaczonych na konkretne projekty badawcze, które będą przyznawane w trybie konkursu.
Reforma zakłada także powstanie, niezależnego od polityków, Narodowego Centrum Nauki. Będzie to agencja płatnicza z siedzibą w Krakowie, w której sami uczeni będą decydować o rozdziale publicznych środków na badania.
Z kolei istniejące już Narodowe Centrum Badań i Rozwoju odpowiadać będzie za kreowanie strategicznego dla rozwoju Polski programu badań. Jego zadaniem będzie też włączanie podmiotów gospodarczych we współpracę z sektorem nauki (przedsiębiorcy będą mogli m.in. ubiegać się o granty badawcze w ogłaszanych konkursach bez dotychczasowej bariery dostępu, czyli 400 tys. euro przeznaczonych na badania i rozwój).
Do 2015 r. połowa środków finansowych na naukę będzie przekazywana na rzecz zadań realizowanych przez te oba centra. Jak zapewnia resort, priorytetowo mają być traktowane te badania, które przełożą się na nowe technologie przemysłowe.
Reforma nauki ma także ułatwić młodym naukowcom krajowe i międzynarodowe kariery m.in. poprzez upowszechnienie kontraktowego zatrudniania oraz konkursów na stanowiska w nauce. Narodowe Centrum Nauki przeznaczać będzie co najmniej 20 proc. swoich środków na badania prowadzone przez naukowców przed 35 rokiem życia.
Zadaniem reformy będzie także odbudowa i wzmocnienie etosu polskiej nauki. Przewiduje się m.in. zakaz podległości służbowej osób spokrewnionych i spowinowaconych we wszystkich naukowych instytucjach. Według resortu, pozwoli to na skuteczną walkę z nepotyzmem i budowanie karier naukowych wyłącznie w oparciu o naukowe sukcesy.
Z kolei nowa ustawa o PAN ma umożliwiać restrukturyzację instytutów, np. ich konsolidację. Ponadto Akademia ma być nowocześniej zarządzana. Powstanie m.in. Komisja ds. Etyki w Nauce, a także rady kuratorów, które będą działać przy każdym wydziale. Ich rolą będzie nadzór nad działalnością instytutów.
Wśród istotnych zmian dotyczących PAN będzie także jej odmłodzenie. Wprowadzono zapis uniemożliwiający pełnienie istotnych funkcji w PAN dla osób, które ukończyły 70 rok życia.
Ustawy trafią teraz do Senatu.