Podczas kontroli jednostek sektora finansów publicznych dokonuje się oceny podmiotów kontrolowanych według różnych kryteriów. Podstawowym kryterium jest legalność, czyli zgodność działalności kontrolowanego podmiotu z obowiązującymi regulacjami prawnymi. Stosuje się także inne kryteria, takie jak: rzetelność, gospodarność i celowość.
Rzetelność oznacza ocenę działania z punktu widzenia zachowania należytej staranności w toku realizacji. Gospodarność związana jest z optymalnym wykorzystaniem środków finansowych i materialnych. Celowość polega na ocenie podmiotu kontrolowanego przez pryzmat stopnia realizacji celów i zadań postawionych przed nim oraz obejmuje ustalenie, czy działanie jest racjonalne i czy przynosi spodziewane efekty.
Budżet jednostki samorządu terytorialnego podlega kontroli wstępnej, bieżącej i następnej. Wykonują ją: regionalna izba obrachunkowa, zarząd jednostki, komisja rewizyjna, Najwyższa Izba Kontroli i Urząd Kontroli Skarbowej.
Kontrola wstępna polega na kontroli przedkładanych dokumentów. Bieżąca kontrola sprowadza się do kontroli realizacji planów finansowych. Natomiast następna kontrola operacji gospodarczych przeprowadzana jest po ich zaksięgowaniu.
Za wykonywanie wstępnej kontroli zgodności operacji gospodarczych i finansowych z planami finansowymi odpowiedzialny jest główny księgowy jednostki sektora finansów publicznych. Dokonuje on również wstępnej kontroli kompletności i rzetelności dokumentów dotyczących operacji gospodarczych i finansowych. W fazie wstępnej kontrola budżetu dotyczy projektu uchwały budżetowej i jest wykonywana przez RIO oraz przez organ stanowiący jednostki. Bieżące wykonywanie budżetu podlega kontroli zarządu oraz banku sprawującego obsługę budżetową jednostki.
Zarząd kontroluje przestrzeganie realizacji budżetu przez podległe i nadzorowane przez niego jednostki sektora finansów publicznych. Kontrola ta obejmuje minimum 5 proc. wydatków podległych jednostek organizacyjnych. Kontrola bieżąca w tym zakresie należy także do RIO.
Poza tym zarząd przedstawia organowi stanowiącemu oraz RIO informacje o przebiegu wykonania budżetu za I półrocze w terminie do 31 sierpnia. RIO wydaje opinię na temat informacji o przebiegu wykonania budżetu za I półrocze roku budżetowego oraz informację o przebiegu wykonania planu finansowego jednostki, uwzględniającą w szczególności stan należności i zobowiązań, w tym wymagalnych. Opinia RIO w sprawie wykonania budżetu wydawana jest w formie uchwały przez skład orzekający RIO.
Zasadniczą częścią działań kontrolnych zarządu jest ocena wykonania budżetu jednostki samorządu terytorialnego. Dlatego też zarząd przedstawia organowi stanowiącemu i RIO w terminie do 20 marca następującego po roku budżetowym sprawozdanie roczne z wykonania budżetu jednostki, zawierające zestawienie dochodów i wydatków wynikające z zamknięć rachunków budżetu. Organ stanowiący rozpatruje to sprawozdanie w terminie do 30 kwietnia roku następnego po roku sprawozdawczym i podejmuje uchwałę w sprawie udzielenia absolutorium organowi wykonawczemu.
ELŻBIETA SAWICKA