Nowela ma zapewnić PKP SA środki na spłatę zadłużenia i pomóc im zwiększyć płynność finansową. Zadłużenie PKP SA wynosi obecnie ok. 5,5 mld zł, a sam koszt jego obsługi to ok. 300 mln zł rocznie.
Skarb Państwa będzie kupował od PKP SA akcje PKP Polskich Linii Kolejowych za pieniądze z Funduszu Kolejowego, zasilanego tzw. opłatą paliwową, czyli rodzajem podatku od paliw. W ten sposób zarządzająca polską siecią torów spółka zostanie uniezależniona od Grupy PKP, a PKP SA uzyska środki na spłatę zadłużenia.
20 maja podczas głosowań senackich poprawek do nowelizacji, Sejm poparł zapisy określające na 300 mln zł maksymalną wartość nieruchomości, które PKP SA ma wnieść aportem do spółki Przewozy Regionalne. Sejm przyjął także poprawkę zmniejszającą z 700 mln zł do 500 mln zł kwotę, za którą Skarb Państwa ma kupować akcje PKP PLK oraz kolejną, która zwalnia wnoszenie majątku aportem do PKP PLK z podatku od czynności cywilnoprawnych.
Zgodnie z nowymi przepisami, samorządy województw będą otrzymywały z Funduszu Kolejowego w 2012 r. 150 mln zł na współfinansowanie regionalnych przewozów kolejowych.