Skargę do Trybunału złożyli w 2002 roku Urszula i Czesław Grzelakowie z Wielkopolski. Twierdzili, że ich syn, Mateusz, nie miał możliwości uczęszczania na lekcje etyki, a także że był dyskryminowany przez szkołę i innych uczniów, gdyż nie chodził na religię. Nie miał też - jak pisali w skardze - opieki w czasie, kiedy inni uczniowie byli na lekcji religii. Zwracali też uwagę, że syn dwukrotnie zmieniał szkołę.
Grzelakowie domagali się od państwa polskiego 150 tys. euro zadośćuczynienia. Trybunał nie zasądził jednak żadnego odszkodowania, uznając, że uznanie naruszenia Konwencji powinno być wystarczającą satysfakcją.
Trybunał uznał, że doszło do naruszenia art. 14 Konwencji, zakazującego dyskryminacji w związku z art. 9, gwarantującym wolność myśli, sumienia i wyznania. W uzasadnieniu Trybunał podkreślił, że uczniowie uczęszczający na religię mają na świadectwie ocenę, podczas gdy osoba niewierząca, która chciała uczęszczać na etykę, ma w tym miejscu przekreślone słowa religia/etyka.
Zasady nauki religii i etyki w szkołach są uregulowane w rozporządzeniu ministra edukacji narodowej z czerwca 2007 roku. Ustala ono m.in. dla jakiej liczby uczniów organizowane są zajęcia z etyki, a także warunki organizowania zajęć międzyklasowych i międzyszkolnych.
W ocenie Trybunału minimum siedmiu uczniów, by rozpocząć zajęcia międzyklasowe z etyki, to ciągle zbyt duża liczba; w ocenie Trybunału koszty nie wydają się być tutaj wystarczającym uzasadnieniem. Trybunał zwraca uwagę, ze zajęcia z języków mniejszości narodowych są organizowane dla dzieci, gdy jest znacznie mniej uczniów. Dlatego też - w ocenie Trybunału - ustalenie minimalnej liczby uczniów na trzech przy organizacji zajęć międzyszkolnych było bardziej racjonalne. Trybunał zwraca uwagę, że w praktyce w Warszawie zajęcia międzyszkolne z etyki nie były nigdy organizowane.
Trybunał zwraca uwagę, że na świadectwie Mateusza Grzelaka przekreślone było słowo "etyka". Tymczasem - jak pisze Trybunał - uczeń zdecydował, że nie będzie uczęszczał na lekcje religii, a etyka była dla niego niedostępna.
W ocenie Trybunału sytuacja po 1 września 2007 roku, kiedy to weszło w życie rozporządzenie ministra edukacji narodowej, przewidujące wliczanie oceny z religii do średniej ocen, skomplikowała się. Według Trybunału rozporządzenie to może mieć "niekorzystny wpływ na uczniów, takich jak skarżący, którzy nie mogą - mimo chęci - uczęszczać na zajęcia z etyki". Takim uczniom może być trudniej zdobyć wysoką średnią ocen, gdyż nie mogą chodzić na zajęcia dodatkowe z etyki, lub mogą czuć się zmuszeni - wbrew ich przekonaniom - by uczęszczać na religię w celu podwyższenia średniej.
Trybunał w Strasburgu przypomniał, że sprawę wliczania ocen z religii do średniej ocen badał Trybunał Konstytucyjny. W wyroku z 2 grudnia 2009 roku zauważył on, istnieje ryzyko, że przy wyborze religii może istnieć presja lokalnej opinii publicznej, ale uznał, że sprawa ta leży poza zakresem jego jurysdykcji.
Wyrok zapadł stosunkiem głosów sześć do jednego. Zdanie odrębne złożył sędzia David Thor Bjoergvinsson. W jego ocenie, aby mówić o dyskryminacji musiałoby dojść do różnego traktowania osób w sytuacji podobnej. I chociaż zgadza się, że inną sytuację mają uczniowie uczęszczający na religię bądź etykę, których ocena jest wliczana do średniej, a inną uczniowie, którzy nie uczęszczają - i nie mają wliczanej oceny - to w jego ocenie na tej podstawie nie można mówić o dyskryminacji w rozumieniu art. 14 Konwencji. Jego zdaniem skarżący nie wykazał też w sposób wystarczający, że zetknął się z uprzedzeniami ze strony innych uczniów.
W ocenie Trybunału nie doszło do naruszenia art. 2 protokołu 1 Konwencji, gwarantującego, ze nikt nie może być pozbawiony prawa do nauki.