Jak powiedział szef BBN, zmienione Biuro będzie działać "jako organ pomocniczy prezydenta Rzeczypospolitej w sprawach szeroko rozumianego bezpieczeństwa państwa". Przypomniał, że zmiany wprowadzono na podstawie zarządzenia prezydenta z 11 sierpnia.
Szef BBN zwrócił uwagę na redukcję etatów ze 115 do 79. "Zlikwidowałem dosyć kuriozalne rozwiązanie, jakie tu funkcjonowało - wielką grupę etatowych doradców" - powiedział Koziej. Dodał, że BBN zatrudniało 12 doradców, z tego sześciu na stanowiskach doradców szefa Biura. "Uważam, że jeśli struktura jest dobrze utworzona, kompetencje dobrze podzielone, wystarczą dyrektorzy, nie ma potrzeby utrzymywać dodatkowych doradców" - powiedział Koziej.
Według Kozieja istota transformacji sprowadza się do dwóch najważniejszych zmian: "Pierwszą jest zmiana samej misji Biura z nadzorczo-kontrolnej na misję analityczno-koncepcyjną, w ramach której przygotowywalibyśmy merytoryczne materiały dla prezydenta, uzbrajając go w wiedzę merytoryczną niezbędną do zajmowania się sprawami bezpieczeństwa narodowego".
"Druga zmiana polega na zmianie podejścia do bezpieczeństwa narodowego z podejścia sektorowego, resortowego, postrzegania odizolowanych fragmentów tego bezpieczeństwa na podejście zintegrowane, traktujące bezpieczeństwo jako całość" - dodał szef BBN.
"Rezygnuję z obsady jednego z zastępców, aby zaoszczędzone środki wykorzystać na zorganizowanie i funkcjonowanie, jak to nazwałem, zbiorowego zastępcy - zespołu niezależnych, pozarządowych ekspertów strategicznych, ludzi o różnych poglądach" - oświadczył Koziej. "Mam plan, by spotykać się z nimi co miesiąc i dyskutować o sprawach strategicznych leżących w zainteresowaniu BBN" - dodał.
Jednym z tych 12-15 ekspertów ma być emerytowany generał prof. Bolesław Balcerowicz, ekspert w dziedzinie bezpieczeństwa militarnego. W skład tej grupy mają też wejść specjaliści bezpieczeństwa publicznego i ekonomicznego. Koziej wyjaśnił, że BBN nie będzie się interesować sprawami służby zdrowia jako takiej, "ale w kontekście bezpieczeństwa ekonomicznego, np. możliwości funkcjonowania organów władzy publicznej odpowiedzialnych za bezpieczeństwo".
Nową strukturę organizacyjną BBN zaakceptował w sierpniu prezydent Bronisław Komorowski. W Biurze powstały dwie nowe komórki - departament analiz strategicznych i departament prawno-organizacyjny. W zmienionej formule będą działać departamenty zwierzchnictwa nad siłami zbrojnymi oraz bezpieczeństwa pozamilitarnego. Częściowo nowe zadania ma też otrzymać zastępca szefa BBN.
Departament analiz strategicznych ma opracowywać całościowe analizy dla prezydenta. Będzie monitorować wszelkie informacje dotyczące bezpieczeństwa, przygotowywać opinie i oceny dla prezydenta, przygotowywać propozycje rozwiązań dotyczących całościowo pojmowanego bezpieczeństwa narodowego.
Utworzenie departamentu prawno-organizacyjnego Koziej uzasadniał potrzebą zebrania w jednej instytucji prawników specjalizujących się w zagadnieniach bezpieczeństwa, by formułować "propozycje korekt, nowelizacji czy wręcz nowych rozwiązań legislacyjnych" niezbędne do zmian w systemie bezpieczeństwa narodowego.