Przyjęcie ustawy w obecnym kształcie stanowi nieuzasadnioną ingerencję w konstytucyjnie chronione prawo własności i wolność działalności gospodarczej. Zmiany w prawie doprowadzą do ograniczenia konkurencji oraz wzrostu cen leków nierefundowanych i spadku ich dostępności dla pacjentów. Ustawa uniemożliwi otwieranie nowych aptek, a także zastopuje możliwości ich dalszego rozwoju przez polskich przedsiębiorców, do których należy 96% aptek w Polsce.
W ocenie organizacji przyjęte regulacje wydają się być oderwane od interesów pacjentów, dla których istotne są niskie ceny leków nierefundowanych oraz pełen asortyment. Ustawa wydaje się uwzględniać interes wąskiej grupy przedstawicieli korporacji aptekarskiej oraz dostawców i producentów leków, zwłaszcza dużych koncernów farmaceutycznych. Ograniczenia ilościowe doprowadzą do rozdrobnienia rynku, co znacząco osłabi pozycję negocjacyjną aptek oraz doprowadzi do dyktowania im warunków cenowych i asortymentowych przez posiadające jeszcze silniejszą pozycję hurtownie oraz koncerny farmaceutyczne. Rozwiązania zawarte w ustawie nieproporcjonalnie wzmacniają korporację aptekarską. Przyjęte w projekcie zmiany idą w odwrotnym, niż wielokrotnie deklarowany przez partię rządzącą, kierunku otwierania korporacji zawodowych.
Zgodnie z deklaracjami projektodawców, a także przedstawicieli Ministerstwa Zdrowia projekt ustawy ma być stosowany „na przyszłość" i dotyczyć wyłącznie nowych aptek. Przyjęte przepisy przejściowe pozostają jednak w sprzeczności z intencjami projektodawców. Osoby niebędące farmaceutami nie będą mogły uzyskać nowego zezwolenia na prowadzenie apteki, a posiadane obecnie tylko stracić. Wpłynie to niewątpliwie na wycenę wartości prowadzonego przez nich przedsiębiorstwa i oznacza de facto wywłaszczenie ich właścicieli.
Zobacz również: Zdrowie
Wprowadzone kryteria demograficzno-geograficzne spowodują, że w większości miast i nowych osiedli nie będą mogły otworzyć się żadne nowe apteki, nawet prowadzone przez indywidualnych farmaceutów. Apteki nie będą mogły powstawać w miejscach najbardziej dogodnych dla pacjentów tj. w pobliżu szpitali, przychodni lub w okolicy obiektów szczególnie uczęszczanych takich jak węzły komunikacyjne czy centra handlowe. Ograniczenia ilościowe oraz podmiotowe doprowadzą również do powstania lokalnych monopoli. Takie rozwiązanie wydaje się być korzystne nie dla pacjentów, lecz jedynie dla części środowiska aptekarskiego, która obecnie posiada już 3-4 apteki w ramach jednej gminy czy powiatu. W konsekwencji może to doprowadzić do ukonstytuowania się „dynastii farmaceutycznych" prowadzących apteki. Przyjęte rozwiązania, w szczególności ograniczenia wynikające z kryteriów demograficzno-geograficznych, oznaczać będą skazanie aptek na łaskę właścicieli lokali. Wynajmujący wiedząc o ograniczeniach dotyczących zmiany lokalizacji, dotyczących szczególnie aptek prowadzonych przez podmioty niebędące farmaceutą, będą mogli narzucać ogromne czynsze najmu, mając świadomość, że wypowiedzenie umowy będzie jednoznaczne z likwidacją apteki.
Dodatkowo spadkobiercy, którzy - o ile nie będą farmaceutami - nie będą mogli przejąć prowadzenia apteki po zmarłym małżonku czy rodzicu. Jest to szczególnie ważne, gdyż sieci apteczne to w ogromnej mierze firmy rodzinne, często będące własnością farmaceutów, rozwijane od wielu lat wysiłkiem swoich właścicieli. Brak automatycznego przejścia zezwolenia oznaczać będzie, że taki spadkobierca pozostanie z majątkiem znacznej wartości, lecz nie będzie mógł podjąć działalności gospodarczej w tym zakresie, a także - z uwagi np. na brak zainteresowania nabywców - uzyskać realnej wartości przy jej zbyciu.
Przyjęte rozwiązanie stoi również w sprzeczności z potrzebą wsparcia rozwoju polskich przedsiębiorców, wyrażoną m.in. w Strategii na Rzecz Odpowiedzialnego Rozwoju, tzw. „Planie Morawieckiego". Istniejące w Polsce sieci aptek to w zdecydowanej większości małe i średnie polskie firmy, którym powyższe ograniczenie uniemożliwi dalszy rozwój i przekształcenie w odpowiednio średnie i duże przedsiębiorstwa.
Ustawa budzi wątpliwości również z uwagi na fakt, że zasada „apteki dla farmaceuty" została już raz uznana za niezgodną z Konstytucją, a ponadto została negatywnie zaopiniowana m.in. przez Komitet Ekonomiczny Rady Ministrów. Dodatkowo negatywne stanowisko wobec całej ustawy wyrazili: Ministerstwo Rozwoju, wicepremier Jarosław Gowin, Prezes UOKiK, renomowane think thanki takie jak Fundacja Republikańska, Instytut Staszica, Instytut Biznesu i dział analiz PKO BP, organizacje pacjentów, organizacje pracodawców oraz liczni konstytucjonaliści m.in. prof. dr hab. B. Banaszak).