Centralizacja VAT dostarczyła wielu problemów i wątpliwości samorządom. Samorządy muszą więc wyjaśniać wątpliwe kwestie, zwracając się o interpretację przepisów, a nawet kierując sprawy do sądów. Jedną z takich spraw jest wpływ prowadzenia żłobków na statusy miast jako podatników VAT.