Jednym z najważniejszych problemów związanych z tworzeniem i funkcjonowaniem związków międzygminnych są ich statuty. Dotyczy to zarówno podziału kompetencji związanych z przyjmowaniem i zmianą tych dokumentów, jak i samej ich zawartości. Natomiast obowiązki związane z rejestrem związków międzygminnych dotyczą administracji rządowej.